On trouve dans le toponyme le mot latin Agrifolium : (houx) de acer (pointu) folium (feuille).

Le nom fait référence à un ancien bois de houx dont le défrichement fut mal aisé.

Les traces dans la toponymie, en de nombreux lieux-dits de la commune actuelle, sont : Frace( broussailles jeunes taillis), La Fragnée (frênaie, forêt de bois de frênes), La Taillée (forêt défrichée), Le Bois Gaillard, Le Bois de la Touche (boqueteau laissé intact entre deux zones défrichées)

Au Moyen-âge, le village s'appelait AGRIFOLIO ; l'ajout de l'appellation d'AUNIS au nom d'AIGREFEUILLE date de 1891.

Les étymologistes ne sont jamais tombés d'accord sur l'origine du nom de la province de l'Aunis :

Pour les uns, il s'agirait d'un ancien pays d'Aliéna dont la ville d'ALIENA aurait été la capitale. On a parfois cru reconnaître celle-ci dans CASTELLO ALLONI, c'est à dire CHATELAILLON, autrefois la plus grande cité de la région, à l'époque où LA ROCHELLE n'était qu'un village de pêcheurs.

Pour d'autres, on a également avancé l'hypothèse que l'Aunis était un antique Alniensus ou Alnisus, c'est à dire un pays des Alains, cette peuplade germanique battue en Espagne par les Wisigoths, et qui viendra s'établir en Armorique. Certains Alains, suivant le littoral, seraient descendus jusqu'au pays des Santons, créant ainsi le pays Alain avant qu’il ne devienne le pays d'Aunis.

Enfin, certains laisseraient penser que nous étions dans le pays des Aulnes, arbre qui pousse en milieu humide.